凋亡試劑盒的細胞凋亡過程中可觀察到系列形態學特征和生化特征。早期凋亡信號的效應產生于胞內，此時細胞膜保持完整。目前已有幾種方法以檢測凋亡細胞胞內的多種效應，包括：DNA段的檢測、膜對稱性的變化、caspases激活、以及細胞死亡相關蛋白水平的變化等。多數檢測使用的底物和Marker適用于絕大多數種類的哺乳動物。
 

　　凋亡細胞染色體DNA以核小體為單位的切割導致細胞不可逆死亡。可以采用NucleosomeELISA，對產生的單體及寡聚核DNA段進行定量。核小體的DNA成分被捕獲于酶標板上，使用標記的抗組蛋白抗體檢測捕獲的核小體數量。組蛋白-DNA段的量反應了一個特定樣品中死亡及瀕臨死亡的細胞的量。
 

　　DNA段也可通過片段末端標記進行原位檢測，MERCK提供基于TUNEL方法的試劑盒。DNA段末端標記可通過熒光染料或比色底物方法進行檢測。另外，細胞形態的變化如胞膜皺摺或出泡、核染色質致密、胞質濃縮等，都可作為細胞凋亡的證據。采用熒光染料進行末端標記的可用流式細胞技術進行定量，其光散射變化也可支持由單一參數得出的結論。DNA段可以從凋亡細胞中分離并使用瓊脂糖電泳進行分析。約180bp的多倍寡核小體片段在電泳上呈典型的梯狀條帶，可進一步證實凋亡的存在。若使用PelletPaintCo-Precipitant，只需室溫操作，兩分鐘即幫助DNA沉淀更快捷方便。
 

　　線粒體膜電位和膜通透性的變化也是凋亡細胞一個重要特點。凋亡細胞另一個生化特征是細胞膜內側的磷脂酰*從胞質轉至胞外。膜聯蛋白中的AnnexinⅤ，是一種磷脂結合蛋白，與磷脂酰有強親和力。通過使用AnnexinⅤ-FITC(PF032)或AnnexinⅤ-BiotinApoptosisDetectionKit，及RAPIDTM方法進行凋亡細胞早期檢測。可使用流式細胞儀或熒光顯微鏡監測。同時使用PI，根據細胞膜的通透性區分早期凋亡細胞和壞死細胞。
 

　　凋亡試劑盒的凋亡過程中細胞核同樣發生了結構變化。接收到凋亡信號后,核基質蛋白(NMPs)釋放。NMP的釋放與細胞死亡相，MERCK的CellDeathDetection(NMP)ELISA可定量檢測細胞培養上清中的NMP水平變化。此種檢測方法優于其它方法的原因在于可以直接檢測組織培養基中NMPs的水平，而不需細胞總裂解物，從而避免了細胞計數和樣品準備等操作。除了結構變化，凋亡細胞*水平會降低，可通過GlutathioneApoptosisAssayKit進行檢測。